Obzirom da Republika Srbija i Crna Gora trenutno imaju status zemalja potencijalnih kandidata, IPA Program prekogranične saradnje Srbija – Crna Gora sprovodi se po centralizovanom sistemu implementacije, u skladu sa članom 53c Uredbe (EK, Euratom) br. 1605/2002 i relevantnim odredbama ugovora EZ. Centralizovano upravljanje kako je definisano u članu 53a Uredbe (EZ, Euratom) br. 1605/2002 može se koristiti u okviru komponente pomoći u tranziciji i izgradnji institucija, posebno za regionalne i horizontalne programe, i u okviru komponente prekogranične saradnje. Takođe se može koristiti za tehničku pomoć u okviru bilo koje komponente IPA-e.