Обзиром да Република Србија и Црна Гора тренутно имају статус земаља потенцијалних кандидата, ИПА Програм прекограничне сарадње Србија – Црна Гора спроводи се по централизованом систему имплементације, у складу са чланом 53ц Уредбе (ЕK, Еуратом) бр. 1605/2002 и релевантним одредбама уговора ЕЗ. Централизовано управљање како је дефинисано у члану 53а Уредбе (ЕK, Еуратом) бр. 1605/2002 може се користити у оквиру компоненте помоћи у транзицији и изградњи институција, посебно за регионалне и хоризонталне програме, и у оквиру компоненте прекограничне сарадње. Такође се може користити за техничку помоћ у оквиру било које компоненте ИПА-е.