ИПА Управљачко тело и Структуре прекограничне сарадње успоставља се од стране ИПА III корисника ради имплементације и управљања ИПА III помоћ и (члан 10 ИПА III Уредба о спровођењу).
Оперативне структуре у оквиру ИПА III прекограничне сарадње Србија – Црна Гора 2021 -2027 су:
| Република Србија | Црна Гора |
| ИПА Управљачко тело | Структура прекограничне сарадње |
| Влада Републике Србије
Министарство за Европске Интеграције Немањина 34 11000 Београд, Србија |
Влада Црне Горе
Министарство европских послова Булевар Револуције 15 81 000 Подгорица, Црна Гора |
| Посредничко тело за финансијско управљање (ПТФУ) | |
| Влада Републике Србије
Министарство Финансија Сектор за финансирање и уговарање средстава ЕУ помоћи (ЦФЦУ) Балканска 53, 11 000 Београд |
Влада Црне Горе
Министарство Финансија Сектор за уговарање и финансирање програма из средстава Европске уније (ЦФЦУ) Арсенија Бољевића 2а, 81000 Подгорица |
Структуре и органи управљања
Следеће структуре ће бити укључене у управљање програмима прекограничне сарадње код корисника ИПА III:
1. (а) НИПАК-ови земаља које учествују у програму прекограничне сарадње и, где је применљиво, координатори територијалне сарадње, који су заједнички одговорни да обезбеде да циљеви постављени у предложеним програмима прекограничне сарадње буду у складу са циљевима у оквиру програмског оквира ИПА III;
(б) НАО и управљачка структура водећег корисника ИПА III када се прекогранични програм спроводи у индиректном управљању;
(ц) структуре прекограничне сарадње у свим учесницима ИПА корисника које ће блиско сарађивати у програмирању и имплементацији релевантног програма прекограничне сарадње. У случају индиректног управљања, структура прекограничне сарадње у водећем ИПА III кориснику ће обављати послове Управљачког тела. Управљачко тело ће одредити посредничка тијела.
(д) Ревизорско тијело како је наведено у члану 10(1), тачка (е), када се прекогранични програм имплементира у индиректном управљању са корисником ИПА III.
2. Корисници ИПА III и земље у оквиру Европског суседског инструмента које учествују у програму прекограничне сарадње ће успоставити ЗОП који ће такође обављати улогу секторског надзорног одбора из члана 19.
3. Заједнички технички секретаријат ће бити успостављена да помаже Комисији, оперативним структурама и ЗОП-у.
Оперативна структура је одговорна за спровођење, информисање и видљивост, праћење и извештавање о програмима, као и њихову евалуацију кад год је то релевантно, у складу са принципом доброг финансијског управљања, као и за осигурање законитости и правилности трошкова насталих у спровођење програма за које је одговоран.
